بودجه موسسه تحصیلات عالی امام محمد شیبانی متناسب با نیازهای انکشافی آن جزو بودجه کلی موسسه از طریق فیس محصلان بوده و هیچ گونه منبع عایداتی دیگری ندارد. این نهاد علمی در نظر دارد با بلند بردن کیفیت تدریس در رقابت های بازار سهم داشته، همچنان با برنامه ریزی های تحقیقی در آینده نزدیک نیز کسب عواید داشته باشد.